微生态制剂已经作为一种安全、绿色的饲料添加剂，被广泛用于养殖生产中，并取得了很好效果，但在生产应用中要注意以下问题：
一、合理选择品种
不同微生物产品有不同的功效，畜禽机体内环境的pH值、菌群比例、菌群种类均有不同的需求。在畜禽痊愈后，由于感染不同种类疾病对机体损伤程度以及体内微生物的平衡度也不同，所以使用前要充分了解菌种的功效和种类，使疗效达到最佳。
二、保存环境要求
环境中的水分、温度、湿度以及光照等都能对微生物制剂带来严重的影响，如果在高温、高湿的环境中很有可能造成微生物制剂的二次发酵，或影响到其代谢产物和营养物质的保存，从而降低微生物的功效。
三、保存时间要求
由于微生态制剂一直都在发生生物性变化，活菌率在保存过程中也会有不同程度地降低，因此，保存时间越短越好。
四、与抗生素谨慎配伍
微生态制剂的疗效在于活菌率，而抗生素大都具备广谱抗菌作用，极易使微生物失去活性，因此在与抗生素同天使用时，最好间隔2个小时以上。