菠菜的病害主要有霜霉病、猝倒病、根腐病和白叶斑病；虫害主要有蚜虫、潜叶蝇、夜蛾菜青虫类害虫。防治病虫害，可结合农业防治和药剂防治进行。农业防治，实行2年～3年轮作，合理密植，科学灌水，清洁田园，及时清理病残体。药剂防治，注意科学用药，药剂要交替使用，一般每隔6天～7天喷1次药剂。收获前15天禁止使用任何化学药剂。
霜霉病
发病初期用可用75%百菌清600倍液喷雾，或58%锰锌·甲霜灵可湿性粉剂500倍液喷施。棚内菠菜若遇到连天阴雨，可用10%百菌清烟剂熏烟防治，每隔一周1次，连续2次～3次。同时可结合喷洒叶面肥（如0.2%的磷酸二氢钾）和植物生长调节剂（如0.01%的芸苔素内脂）进行防治，效果更佳。
根腐病
菠菜根腐病为真菌性病害，连作地发病重。多雨时期搭拱棚覆盖塑料薄膜栽培，以减轻病害发生。药剂防治可选用30%恶霉灵水剂1500倍液、64%恶霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液、72.2%霜霉威盐酸盐水剂600～800倍液、69%烯酰吗啉可湿性粉剂3000倍液，发病初期喷雾，每7天～10天一次，连续防治2次～3次。
白叶斑病
禁止大水漫灌，采用小水勤浇的原则，避免表土湿度过大，加重病害发展；在感病初期喷施50%腐霉利可湿性粉剂1000倍液、50%异菌脲可湿性粉剂1500倍液、60%霜脲氰·猛锌可湿性粉剂1000～1200倍液进行防治。
蚜虫
可用70%噻虫嗪水分散粒剂3000倍液、10%烯啶虫胺水分散粒剂1500倍液、20%啶虫脒1000倍液，30%烯啶·吡蚜酮2000倍液、2.5%高效氯氟氰菊酯800倍液、70%吡虫啉水分散粒剂6000倍液，任选1种～2种配合喷雾防治。
潜叶蝇
用70%灭蝇胺4000倍液、5%阿维菌素1500倍液、2.5%溴氰菊酯800倍液、5%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐1500倍液、2.5%高效氯氟氰菊酯800倍液，任选其中2种配合喷雾防治。