茄子苗嫁接砧木的好坏直接关系到嫁接栽培的效果，砧木的选择要符合以下标准：亲和力强，砧木和接穗嫁接后成活率高；抗病性强，砧木的抗病性主要是抗茄子黄萎病，其次兼抗枯萎病、青枯病和线虫病；品质好，包括口感、风味和营养成分几个方面，要选用嫁接后不降低茄子品质的砧木；抗逆性强，指对高温、低温、干旱、多湿等不利环境的抵抗能力要强；生长势强，表现为茎秆粗壮、根系发达、植株高大，达到茄子嫁接栽培防病、抗逆和增产的目的。
嫁接后的茄子苗要浇足水，浇水要小心，不能喷淋，以防切口感染而死苗。覆盖塑料小拱棚和遮阳网以保温、保湿、遮阴。嫁接后要遮阴3-4天，白天保持25℃-30℃、夜间20℃左右，保持相对湿度90%-95%，在这样温暖湿润的条件下愈伤快。3-4天后逐渐延长光照时间，但不要马上给予强光。嫁接后5-6天嫁接苗基本愈合，可逐渐揭除遮阴物。在以后的5-6天里，嫁接苗继续愈合，白天苗床气温保持25℃以上，夜间最低气温在18℃以上，空气湿度85%以上。嫁接后10天左右，伤口已全部愈合，嫁接苗成活，去掉嫁接夹，采用靠接法嫁接的要用剪刀将接穗切口下部根茎剪去，转入正常管理，逐渐加大放风量进行炼苗。嫁接后30-40天，接穗长到5-6片叶时即可定植。定植时嫁接口处要高于地面，以避免接穗长出不定根及嫁接切口受病菌的再次侵染，失去嫁接防病作用。在嫁接愈伤成活过程中及定植后，砧木茎节上的叶子和侧枝应及时打掉，以减少养分和水分消耗。