一要控制好空气湿度。注意保证大棚有足够的通风时间和通风量，以降低空气湿度。浇水时，切忌大水漫灌，以免增加空气湿度。因为菌核病的病菌孢子形成及菌丝生长的最佳空气湿度在95%左右，降低空气湿度可以控制病害的发生和蔓延。
二要合理控制棚内温度。在大棚茄子菌核病发病严重时，通风排湿是非常必要的，但要掌握一个度。不可使棚内温度过低，否则昼夜温差过小，影响茄子正常的花芽分化，产品品质会下降，如茄子长得硬、色泽暗淡等。
如果棚内温度长时间在20℃-25℃，正是病菌孢子发育的最适温度，此时用药，病菌反而更难治愈。要想提高治疗效果，可控制棚内温度在30℃-40℃，2小时后再放风，再结合喷药会增强治疗效果。