轮作倒茬。与禾本科作物实行3年以上轮作；耕种前彻底清除病残叶，深翻土壤，减少菌源；因地制宜选用抗病品种；加强田间管理，包括合理密植，使用充分腐熟的有机肥，均衡施肥，适期播种，合理灌溉等。雨后要及时排除田间积水，降低田间湿度。发病初期可人工摘除病叶、底叶。
药剂防治。向日葵褐斑病的病原菌是一种比较普通的真菌，许多杀菌剂对它都有效，如50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70％甲基硫菌灵可湿性粉剂l000倍液，或30%碱式硫酸铜(绿得保)胶悬剂400～500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。一般需要防治1次或2次，间隔10天。