长江流域冬油菜生产上普遍存在肥料施用比例不协调，有机肥施用不足，秸秆还田率低，硫、硼等中微量元素缺乏，种植密度偏低导致肥料利用率不高等问题。对此，生产上应科学施肥，提高肥效。
施肥原则增施有机肥，提倡有机、无机肥配合施用和秸秆还田；根据土壤有效硼供应状况，适量补充硼肥；适当降低氮肥基施用量，增加薹肥比例；肥料施用应与其他高产优质栽培技术相结合，尤其需要注意提高种植密度。
施肥量通常亩产200公斤以上的田块，每亩需纯氮11～13公斤、五氧化二磷4～6公斤、氧化钾7～9公斤、硼1公斤；亩产100～200公斤的田块，每亩需纯氮8～10公斤、五氧化二磷3～5公斤、氧化钾5～7公斤、硼0.75公斤；亩产100公斤以下的田块，每亩需纯氮5～7公斤、五氧化二磷3～4公斤、氧化钾4公斤、硼0.5公斤。缺硫地区可以每亩基施硫磺2～3公斤，如果施用其他含硫肥料，可以酌情减少硫磺用量。
施肥方法氮肥总量的50%作基肥施用，20%～30%作越冬苗肥施用，20%～30%作薹肥施用；钾肥60%作基肥施用，40%作薹肥施用；磷肥、硼肥和硫磺全部作基肥施用。基肥施用有机肥的，可以酌情减少化肥用量；前一季作物秸秆还田的，可以减少三分之一的钾肥用量。