近年来，菌核病已上升成为影响油菜产量的主要病害。但在油菜生长前期，农民常忽视菌核病的预防，造成减产损失，所以应从基础综合防治工作抓起，及早进行预防。
除了选用抗病、耐病品种，要综合运用农业综合措施。一是对常年易感病的大田实行水旱轮作，二是改偏施氮肥为施用三元复合肥料，三是改善油菜大田水系设施，关键是要做到雨住田干；四是合理配置密度，五是发病初期随时摘除基部感病老叶2~3次，通过这些措施，可以有效减轻病害。
同时要及时进行化学防治。防治重点应是长势较好、荫蔽较大的油菜基部及大田地面土壤。在初花期，一可喷施80亿单位地衣芽孢杆菌800倍液，二可喷施72%硫酸链霉素可湿性粉剂2000倍液，三可用等量式的波尔多液每亩100斤喷施，四可用40%灰核宁100克兑水100斤喷施。在油菜主茎开花95~100%时，每亩用40%菌核净75~100克或25%戊唑醇可湿性粉剂60~70克兑水100斤喷施，或用70%甲基托布津可湿粉剂500~800倍液喷施。