油菜种子吸湿性强，很容易吸湿回潮。通气性差，容易发热，种子密度较大，不易向外散热、散湿。含油量多，易酸败，尤其在高温高湿度情况下，种子发芽率随着贮藏期的延长而逐渐下降。
根据油菜种子的储藏特点，生产、贮藏时需要掌握一些细节要点。适时收获，及时干操。油菜种子收获以角果有70%-80%呈现黄色时为宜。太早嫩籽多，水分高，不易脱粒，内容欠充实，较难贮藏。太迟则角果容易爆裂，籽粒散落，造成损失。脱粒后要及时干燥，晒干后须经摊晾冷却才可进仓，以防种子堆内温度过高，发生干热现象（即油菜种子因闷热而引起脂肪分解）。清除泥沙杂质。泥沙杂质多时，使种子堆的孔隙度变小，妨碍散热、散湿。因此，油菜种子入库前，应风选一次，清除尘芥杂质及病菌。严格控制入库水分。我省大多数地区一般贮藏时水分控制在9%-10%以内即可，但如果当地特别高温多湿以及仓库条件较差，最好能将水分控制在8%-9%以内。低温贮藏。夏季不宜超过28-30℃，春秋季不宜超过13-15℃，冬季不宜超过6-8℃。种温与仓温相差如超过3-5℃就应采取措施，进行通风降温。合理堆放。散装的种子可将表面耙成波浪形或锅底形。袋装时，应尽可能堆成各种通风垛，如工字型、井字形等。加强管理勤检查。贮藏期间需勤加检查，一般在4-10月份，对水分在9%-12%的油菜种子应每天检查2次，水分在9%以下的，可隔天检查一次。