由于受生态条件、气象因素等影响，棉花苗期病虫具有种类多，发展快，危害重的特点，经常会造成棉田缺苗断垄，严重时大片死亡。发生的病害主要有黑根病、红腐病、立枯病、炭疽病、棉蚜、地老虎等。防治时应当适时科学用药进行综合防治。
1.农业措施：棉花栽培应选用优质、高产、耐病品种适期播种；其次要加强管理，增施基肥，早间苗、及时定苗，旱季加强灌水，雨后要深中耕、以提高地温，降低土壤湿度，增强土壤通气；三要净化棉田及棉田四周杂草，减少病虫源数量。
2.早防苗病：棉苗在初发病期可选用50%多菌灵可湿性粉600倍或70%甲托可湿性粉800倍喷雾防治；发病较重的田块可用40%多菌灵胶悬剂或65%代森锰锌可湿性粉剂隔一周喷一次，连喷2次。
3.科学治蚜：夏收后大量天敌从麦田迁飞到棉田，此时可减少化学农药的使用，充分发挥天敌对蚜虫的控制作用。蚜虫发生严重时，可用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂1000倍液喷防，同时注意交替用药，减缓抗性产生。
4.防治地老虎：在棉田有老虎危害时，可用50%的辛硫磷50克对水1公斤喷拌在5公斤炒香的麦麸或碎棉籽饼上，制成毒饵，傍晚顺垄撒施，诱杀幼虫；或用20%速灭杀丁1500倍液或50%辛硫磷1500倍液或用800倍功夫加800倍敌杀死喷雾防治。