中耕松土，防病治虫棉花苗期往往会有多种病害发生，如立枯、炭疽、猝倒等，轻者晚发，重者死亡。从出苗到5月下旬如遇阴雨天气，则更会加重病情。苗期病害的发生是多种不利环境条件造成，种子本身的抗性，低温、高湿等都是苗病发生的主要因素，因此说靠近棉苗根部由浅到深的进行中耕，是效果很好的农业防病治病措施。棉田深中耕不但对防治苗病有特效，而且对促进主根下扎，防止后期早衰也有特效。药剂防治，棉苗出齐后每隔7—10天喷施一次效果好的叶面肥和杀菌农药，连喷两次均能收到很好的效果，病情较重的棉田药液浓度可加大。不同条件下的棉苗病发生情况对比：重茬棉田重于生茬棉田，有机质含量低的棉田重于有机质含量高的棉田，播种较深的棉田重于播种较浅的棉田。地膜棉堵土早重于堵土晚的棉田，阴雨天气重于晴好天气，播种期早的棉田重于播种期晚的棉田。
间苗定苗，密植合理当棉苗真叶长出后，要及时做好棉田间苗定苗工作，关系到苗齐苗壮减轻苗期病害的大问题，关系到最后决定田间留苗密度的问题，高产棉田定苗时一定要严格掌握。通过全田平均行距计算出留苗株距。较为松散型的棉种，留苗密度一定不要过大，以亩留苗2500—3000株为宜，很多棉农间定苗的时间偏晚，五、六片叶子还未定苗，与苗期生长标准相违背，不能实现棉花蕾期植株敦实叶黑、蕾多蕾大，棉苗间定苗的最佳时期，在一片真叶露出进行蔬苗，二片真叶长出进行间苗，三片真叶长出要定苗。苗病较重的地块，定苗时间可推迟到四叶定苗，不要把定苗时间推迟到五叶六叶。