专家建议，棉农要及时清理棉田“三沟”，积水田块要抓紧清理畦沟、腰沟和围沟，做到沟沟相通，及时排干田间的明水和暗水，降低湿度，促进根系生长发育。
雨后2—3天，田间土壤稍干爽时，要立即对棉株出现对倒伏（斜）的田块，沿田间棉株顺倒伏（斜）的方向，轻轻将棉株扶起扶正。对过水后棉田沾满泥浆的棉叶，要喷水逐片清洗，保持叶面清洁，以促进光合作用。要结合扶株护根，开展中耕培土，增加土壤的通透性，降低湿度，减少无效养分的消耗，促进根系的下扎。
当前，受涝田块应及时组织叶面喷肥。对扶株洗叶后的田块，可用2％左右的尿素溶液喷施叶面2—3次，增加作物营养，促进棉花尽快恢复正常生长。也可用叶面宝等营养型叶面肥喷施。后期棉田要结合苗情长势，施好花铃肥和盖顶肥。
受灾棉田一般生育期比正常棉田推迟，伏桃减少，应增加秋桃以减少产量的损失。为此，要适当推迟打顶期，江淮棉区比正常年份推迟3－5天，沿江棉区最迟不晚于8月15日。同时，强化灾后肥水管理，容易造成“水肥碰头”致使棉花旺长。应抓好以缩节胺为主体的棉田化学调控。施用缩节胺本着“少量多次”的原则，一般初花期2克、打顶后3－5克。实际用量要根据具体的田块肥力的高低、密度的大小、长势的强弱灵活掌握。喷后如遇大雨，要补喷，但用量减半。
目前棉花主要虫害有棉叶螨、盲椿象、棉蓟马、斜纹夜蛾等，加强化学防治，并结合摘除卵块等搞好病虫害综合防治。此外，对受淹时间长的绝收棉田，可根据积水排除时间和农时季节要求，及早安排改种其他作物。