棉花洪灾后生产管理措施如下：
迅速清沟排渍。做到四沟配套，沟深贯通，确保迅速排干田间明水，降低地下水位，减少渍水对棉花根系的伤害。
迅速扶苗培土。及时扶正棉苗，培土护根，洗叶清污，中耕破板结。
迅速重追花铃肥。花铃期是棉花需肥多的时期，而暴雨却使棉花水肥严重流失，因此要迅速重追花铃肥。待棉花恢复正常生长后，每亩追施尿素10-25公斤和钾肥7-10公斤。打顶后每亩再施尿素10公斤作补桃肥。同时结合防虫治病叶面喷施磷酸二氢钾、尿素和硼肥。
迅速搞好化学调控。棉株恢复正常生长后，每亩用缩节胺2-3克兑水35公斤喷雾，打顶后5-7天每亩用缩节胺4-5克兑水50公斤喷雾。合理化控能协调地上部分与地下部分的生长，调节棉花的节间与株高，塑造理想株型与群体结构，减少田间荫蔽和脱落，增加现蕾成铃，控制无效花蕾，抑制赘芽生长。
加强病虫害防治。受灾棉株恢复生长后，枝叶幼嫩，前期蚜虫多，后期易受棉铃虫、棉小造桥虫等为害。因此，要早治、狠治，做到每叶必保，每蕾（铃）必争，限度地提高单株产量。同时，由于受涝棉田田间湿度大，容易引起烂铃，要切实加强防治。另外，遭受涝灾的棉花要适当推迟打顶时间（一般要比正常棉花晚打顶5-10天），遇秋旱及时浇水，后期适时进行人工催熟。
对于损坏严重的棉田于7月25日以前及时套种，改种玉米、芝麻、大豆、绿豆等作物。