及时排除涝渍，清理淤沟棉田水淹后，土壤理化性状会改变，湿度过大，缺少空气，会造成棉田窒息而死，即便不死，也容易感病，不利于根系下扎，必须尽快排除涝渍，同时将淤塞的围沟、腰沟和厢沟进行清理，降低地下水位，给棉苗创造一个良好的生态环境，以利恢复生长。
及时扶苗洗苗，边退水边洗苗将棉叶、茎秆上的淤泥清洗干净，使棉叶尽快恢复通气和光合作用功能。如退水过快，无水可洗时，可采用喷雾器淋洗。对水淹后东倒西歪的棉株，要小心地将棉株扶正，并培土稳蔸，使植株直立生长，以改善棉田的通风透光条件。严重脱叶的光秆棉田，应积极抢救，只要基部茎秆刮开表皮仍可见到绿色茎顶未枯死，就要尽力抢救，不要轻易毁棉改种。
及时中耕松土灾后及时中耕松土有利于改善土壤通透性，促进根系发育，天气转晴时，要及时松土破板，铲除萌生的草芽，视棉苗长势适当培土，提高根际土壤湿度，促棉苗健壮生长，防止倒伏。适施肥水受潮棉田生育期明显推迟，要尽快实行叶面施肥，促使棉花尽快恢复生机，每亩可用0.2%磷酸二氢钾和2%的尿素混合液50~75公斤喷施，第1次叶面肥喷后5~7天再喷1次。受涝棉田钾素流失大，应补施钾肥，每亩施氯化钾7.5~10公斤，或草木灰150~200公斤。加速棉花健壮生长。
防治病虫害在水退后，要立即用50%多菌灵800倍液或络氨铜800倍液喷洒棉株。以保叶、保蕾，保铃、长出新叶后，易遭蚜虫、盲椿象、红蜘蛛等多种害虫危害，可用杀灭菊酯、克螨特等农药喷施，对已现蕾的棉花要加强第二、第三代棉铃虫的防治。
整枝抹芽、化学调控对受淹后的棉花要特别注意进行精细整枝，以减少养分消耗，确保多结桃、攻铃重的需要。对肥水足长势旺的棉田，要进行一次化控，有利促进多开花、多结铃，力争伏桃满腰，秋桃盖顶，弥补前期受淹的损失。