芝麻茎点枯病俗称“黑根病”、“黑秆病”，是芝麻生产中最主要病害，一般发病10%-15%，重者60%-80%，主要发生于芝麻开花结蒴期，自根部或茎部开始发病，向茎上部发展。根部感病后变为褐色；茎部感病后迅速形成绕茎的黄褐斑，边缘无明显界线，中部灰白色表面油光，其上密生许多黑色小粒。发病严重时植株叶片自下而上卷缩萎蔫，顶梢弯曲下垂，叶片和蒴果变成黑褐色，株形矮小。受害的根茎皮层和韧皮部被腐蚀，仅剩纤维，茎内部中空，极易折断。芝麻茎点枯病病菌主要是以种子、土壤中病残体上的菌核越冬进行传播。高温多雨，地势低洼，土壤长期过湿是暴发流行的环境条件。
化学防治：（1）种子处理：大部分芝麻病害都是种子带菌，种子处理能有效杀死种子表面病菌，对防治芝麻病害特别是苗期病害效果明显，剂拌种可采用40%多菌灵种子量0.3%，70%甲基托布津种子量0.1%，试验证明采用12.5%特普唑、2.5%适乐时、2.5%扑力猛拌种防病效果更明显。（2）生长期药剂防治：芝麻病害暴发流行速度快，因此药剂防治一定要在病害未发生之前或发病初期进行，可采用90%疫霜灵每亩50-100克兑水30公斤，或是25%甲霜灵每亩50克兑水30公斤进行喷雾。