芝麻对水分的反应很敏感，尤其当前正值芝麻开花结蒴，同时也是芝麻生育阶段中最不耐渍的时期。连续的降雨，极易造成芝麻发生渍涝灾害，轻则导致单株结蒴和单蒴粒数减少、千粒重降低，秕粒增多，且容易出现植株早衰，重则出现叶片萎蔫、引发或加重芝麻枯萎病、茎点枯病，植株不能恢复生长，逐渐枯死，不仅严重降低芝麻的产量和品质，甚至颗粒无收。芝麻发生渍涝灾害的补救措施有：
清沟排渍
发生渍涝害后，必须注意做好清沟排渍工作，排除地面渍水，降低地下水位，减少耕作层过多的含水量，改善土壤湿度和通气状况，为芝麻生长提供较好的土壤环境。
适时中耕、施肥喷药
发生渍涝灾害的芝麻地块排出积水后适墒进行中耕，破除土壤板结，增加土壤透气性，提高地温。芝麻生长后期发生渍涝害，可适当追施氮肥、钾肥，配合施用一定量的磷肥，以补充土壤中的养分，结合根施进行叶面喷施1%～2%的尿素溶液和0.2%～0.4%的磷酸二氢钾溶液等，并加入杀菌剂，预防病害发生，增强作物的抗涝性。
喷施生长调节剂
在芝麻生长的中后期发生涝灾后，叶面喷施50毫克～200毫克／公斤的细胞分裂素，可缓解涝害，提高产量；也可喷施耐渍诱抗剂、生长剂，如芸薹素内酯+尿素+锌+硼（按说明书用量），促根保叶。