根茎腐病发病初期在藤蔓基部形成褐色不规则的斑点，继而斑点扩大形成深褐色的长形病斑，病斑中部凹陷，严重时茎蔓的基部干缩，导致茎蔓枯死。观察病斑表面，常有不明显的淡褐色丝状霉。块茎发病常在顶芽附近形成褐色不规则形的病斑，若是根系发病，可造成根系死亡。通过土壤、雨水和施用带病菌的肥料传播，高温高湿条件下容易发病，干旱时发病轻，重茬地、田间积水时发病重。
防治该病可选用50%灭菌星1000倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或53.8%可杀得2000干悬浮剂1000倍液，或50%福美双粉剂500-600倍液。着重喷雾麻山药中下部位，隔7-10天喷1次，连喷2-3次。