山药喜有机肥，从播种到发棵都可铺施，且数量不限。同时，施用有机肥需考虑土壤性质，马粪、羊粪等比较粗松，有机质含量多，易发酵分解，宜施于低温或黏性土壤中；牛粪、猪粪等有机质含量少，组织细密，水分多，发酵分解慢，效力迟缓，宜施于砂质或砂壤质土壤中。
铺施有机肥不仅可持续提供营养，而且有降低土温，保持墒情，稳定土壤透气，防除杂草的功效，切忌在山药沟内边填土边施有机肥。在沤制发酵有机肥的同时，掺入磷肥，一般每亩掺过磷酸钙50-60千克。铺施有机肥应特别注意不要有粪块，必须把有机肥捣碎砸细，以防块茎尖端碰到粪块，引起分杈甚至脱水坏死。施有机肥后及时喷施新高脂膜，可保墒防水分蒸发、防晒抗旱，大大提高有机肥的利用率。
山药生长前期施氮肥，有利于茎叶生长，一般在苗出齐或移植成活后施一次稀粪尿，以后每隔20-30天施一次50％的人粪尿，植株现蕾时重施肥一次，可用较浓的人粪尿适当加饼肥；并及时使用化控促花产品，抑制徒长，迫使营养过剩返回流向果实，提升果实膨大水平。