甘薯软腐病俗称水烂，是采收及贮藏期重要病害。薯块染病，初在薯块表面长出灰白色霉，后变暗色或黑色，病组织变为淡褐色水浸状，后在病部表面长出大量灰黑色菌丝及孢子囊，黑色霉毛污染周围病薯，形成一大片霉毛，病情扩展迅速，约2-3天整个块根即呈软腐状，发出恶臭味。该病一旦发病蔓延迅速，常使全窑腐烂，造成严重的经挤损失。
为避免软腐病的发生，农户可采取以下措施：适时收获，避免伤口;入窖前精选健薯，晾干水气适时入窖。入窖前清理、熏蒸薯窖;入窖后可进行高温愈合。
另外还要严格“三期”管理。初期：入窖后30天内，由于薯块生命活力旺盛，呼吸强度大，放出大量的热量、水气和二氧化碳，从而形成高温高湿的环境条件，因此，这段时间的主要工作是通风、降温和散湿，温度控制在15℃以下，相对湿度控制在90%-95%。中期：即12月至翌年2月低温期，是一年中最冷的季节，应注意保温防冻，使窖温不低于10℃，最好控制在12-14℃。后期：即3月份以后外界气温逐渐升高，要经常检查窖温，保持在10-14℃。