红薯腐烂的原因不外乎有三种，一是有外伤，二是种植后期雨多或入库时遭雨淋，三是有病菌感染。针对以上三种因素，可以从以下几个方面加以防治：贮藏前期，即入窖后30天内，这段时间的主要工作是通风、保温和散湿，温度控制在15℃以下，湿度控制在90%-95%，利用通风孔、门窗或排风扇，加强通风。如果白天温度高，可以采取晚上打开、白天关闭窖门的方法，以后随着温度的逐渐下降，通风孔可以日开夜闭，待窖温稳定在15℃以下时可不再通风。贮藏中期，即前期过后到立春的这段时间，窖温降低，是薯块最容易受冷害的时期，保温防寒是工作重点，使窖温不低于10℃，最好控制在12℃-14℃。封闭通风孔或门窗，加厚窖外保温层，薯堆上覆盖草垫或软草。贮藏后期，即开春以后（3月份）外界气温逐渐升高，要经常检查窖温，保持在10℃-14℃，中午温度过高要及时放风，傍晚及时关闭风口，使窖温保持在适宜范围之内。
