水培花生芽易受黄曲霉毒素污染，在生产中需严格控制。选用抗黄曲霉素、无病虫、无霉变、籽粒饱满的优质种子进行水培。在培育过程中，要注意保持环境清洁、通风良好、湿度适宜，避免出现高温高湿等利于黄曲霉生长的条件。
目前没有专门用于控制花生芽黄曲霉毒素的药物，也不建议进行药物防治，因为可能带来药物残留等食品安全风险。
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