大豆种子在进行贮藏前，最好先进行种子品质鉴定。种子品质鉴定包括种子千粒重测定、种子发芽率测定、种子净度等参数的测定。而种子千粒重的测定需要用到数粒仪，即用自动数粒仪先数出一定数量1000粒种子，然后用天平对这千粒种子进行重量的测定。种子发芽率需用到种子老化箱等仪器，而种子净度的测定可通过鼓风式净度仪。
1、充分干燥：长期安全储藏的大豆水分含量须在12%以下，如超过13%，就有霉变的危险。大豆干燥以带荚为宜，收割后摊在晒场上晒2-3天，荚壳干透有部分爆裂时再行脱粒，这样可防止种皮裂开和皱缩。大豆入库后，如水分过高，仍须进一步曝晒。在曝晒过程中，温度以不超过44-46℃为宜，若在较低温度下晾晒则更为安全稳妥。晒干后，应先摊开冷却，再分批入库。
2、低温密闭：大豆由于导热性不良，在高温情况下又易引起红变，所以应低温密闭储藏。一般可趁寒冬季节将大豆转仓或出仓冷冻，使种温充分下降后，再进仓密闭储藏，最好表面再加一层压盖物。有条件的地方，可将种子存入低温库。
3、及时倒仓过风散湿：收获大豆时正值秋末冬初季节，气温逐步下降，大豆入库后，还在进行后熟作用，会释放出大量的湿热，如不及时散发，就会引起发热霉变。大豆入库3-4周后，应及时进行倒仓过风散湿，并结合过筛除杂，以防止出汗发热、霉变、红变等异常现象发生。