消毒是为了杀灭传播媒介上的病原微生物，使其达到无害化要求，将病原微生物消灭于畜禽体外，切断传染病的传播途径，达到牛病防治的目的。
人员消毒奶牛场工作人员进入生产区应及时更换衣服，紫外线消毒3～5分钟，工作服不应穿出场外，生产区尽量避免外人参观，必须参观时，参观者应彻底消毒、更换场区工作服和工作鞋。工作服或工作鞋要定期用一定浓度的新洁尔灭、有机碘混合物或煤酚皂水溶液进行消毒。
牛场环境牛舍周围环境（包括运动场）每1～2周用2%火碱消毒或撒生石灰1次；场周围及场内污水池、排粪坑和下水道出口，每月用漂白粉消毒1次。在大门口和牛舍入口设消毒池，使用2%火碱或煤酚皂溶液，要经常更换消毒池内的消毒液。
牛舍消毒牛舍应在每班牛下槽后彻底清扫干净，定期用高压水枪冲洗，并在牛舍周围、产床和牛床下面撒石灰或用2%火碱进行喷雾消毒。
用具消毒要定期对饲喂用具、料槽和饲料车等进行消毒，可用0.1%新洁尔灭或0.2%～0.5%过氧乙酸消毒；日常用具、挤奶设备和奶罐车、兽医器械、配种器械等在使用前后也要彻底清洗和消毒；车辆在进入场区时要喷雾消毒；挤奶机器管道用35℃～46℃温水及70℃～75℃的热碱水清洗消毒，以除去管道内的残留物质，同时防止微生物的滋生。
牛体消毒在挤奶、助产、配种、注射治疗及任何对奶牛有接触的操作前，须先将牛有关部位，如乳房、乳头、阴道口和后躯等处消毒擦拭，防止人为传播疾病。定期用4%硫酸铜溶液对奶牛喷洒浴蹄，以降低蹄病的发生率，保证牛蹄健康。
带牛消毒定期用0.1%新洁尔灭或0.3%过氧乙酸或0.1%次氯酸钠进行带牛环境消毒，这样既消灭了牛体表、枷杠和料槽表面的微生物，还避免了牛群间微生物的传染，这种消毒方式对散放饲养方式较适合。