底肥有机肥最好是播种前耕地时掩底，在增施农家肥的同时，还应以合理的比例施化肥作底肥，以磷为主，氮素化肥为辅。不能及时给大豆施底肥时，可有计划地把两季作物该施的底肥，一次施在大豆的前茬作物小麦上，使大豆利用残肥，获得好收成。农家肥质量高，土壤基础好，前茬作物施肥多的可以少施，否则应多施。大豆施底肥，可根据具体情况灵活掌握。
种肥播种前按每5千克种子称取钼酸铵5克、硼砂10克和硫酸锌5克，用400～500克温水充分溶解，然后将肥液喷洒在种子上，尽量使肥液布满种子，阴干后随即播种。
追肥磷肥对大豆生长发育的影响比氮肥更明显。磷肥增产效果的大小与土壤中有效磷含量有关。钾肥的增产效果依不同土壤条件有明显差别。在缺钾土壤上，大豆施钾对其生长发育、延长叶片功能期、增加干物质积累、提高固氮能力有良好影响，而且增产显著。钾肥应在分枝期施用。
叶面喷肥叶面喷肥通过叶面直接吸收，能够起到和根部施肥相同的作用，而且可以减少土壤固定和流失，比根施作用更快，利用率更高。