水稻育秧阶段容易出现坐蔸、黄化、滞长等现象。已发生坐蔸的田块，要立即排水，以增温通气，减轻毒害，同时要施用速效性氮、磷、钾肥料，补充微肥，重点是锌肥，有缺素症状的要及时施用缺素肥料，撤水晒田或迂回灌溉以提高灌溉水温，或实行间歇灌溉，以提高土温促进根系发育，增强秧苗抵抗力。缺肥、缺素是引起黄化的主要原因，防止黄化的措施是：排水降温，提高苗床土温，苗床追施硫酸亚铁、磷酸二氢钾等促进生长。
育秧阶段主要防治稻瘟病、稻飞虱、螟虫。对稻瘟病的防治目前还是预防为主，苗期一旦发生，要立即进行防治，适宜的药剂有三环唑、富士一号等。移栽前普遍防治一次螟虫，主要农药有锐劲特，杀虫双可溶性粉剂。防治稻飞虱可以用10%吡虫啉可湿性粉剂。此外旱育秧苗期可用70%的敌克松或广枯灵1000倍液防治立枯病和绵腐病。