氮肥的损失有多种途径，除氮的挥发损失外，还能通过硝化和反硝化作用产生。因此，提高氮肥利用率，主要是以防止铵的硝化为主。主要措施有：
1、深层施肥：把铵态氮肥或尿素深施到3—5厘米深的还原层中，铵离子为土壤胶体吸附，保持在还原层中，避免肥料在氧化层进行硝化作用，以提高氮的利用率。深层施肥可分成球肥深施、全层深施和液肥深施。
2、使用氮肥增效剂：又称硝化抑制剂，即使用化学制剂来抑制稻田土壤微生物的硝化和反硝化作用，以减少脱氮的损失。目前使用的主要氮肥增效剂有西吡、吡啶及基硫脲等。
3、施用长效氮肥：长效氮肥主要有三种，一是有机合成氮肥，如尿素甲醛肥料；二是包膜肥料，如硫衣包膜素；三是长效性无机氮肥，如磷酸镁铵。长效氮肥主要是防止可溶性氮肥的流失，使氮素的供应尽可能与水稻生长过程中的氮素吸收相吻合，以提高氮肥利用率，同时避免大量氮肥集中施用引起烧苗。