适用于水稻田的除草剂和肥料种类均很多，不能一概而论。一般来说，常用氮磷钾肥料正常施用，不会在本质上影响除草剂的除草效果和对水稻的安全性，施用除草剂后可以随即施用肥料。
很多除草剂，如苄嘧磺隆、吡嘧磺隆、丁草胺、乙草胺、丙草胺、苯噻酰草胺等土壤封闭处理剂以及2甲4氯等药，甚至可以拌尿素等肥料撒施。有研究显示，丁草胺等药与肥料同时施用，其除草效果还能有所提高。
生产上有反映，部分除草剂，如二氯喹啉酸等，在田间稗草抗耐性较强，施药后不能在短时间内迅速将其连根杀灭时，施用尿素等肥料，杂草容易恢复生长，影响除草效果。有一些叶面肥产品，其中含有一些植物生长调节物质，在施用某些除草剂后立即使用这些产品，有可能影响除草效果或对水稻的安全性。