中国水稻研究所在“十五”全国农业科研机构综合科研能力评估中脱颖而出，以107.74的总分名列第一。
农业部从2006年开始全面开展了“十五”全国农业科研机构综合科研能力评估工作。参加本次评估的农业科研机构共有1077个，其中部属科研机构54个，省属科研机构518个，地市属科研机构505个。本次评估客观公正，共设置了22项评估指标，中国水稻研究所在多项指标上均取得第一。
“十五”期间，中国水稻研究所紧紧围绕浙江省委省政府建设创新型省份的目标，通过大力实施“科技兴所、人才强所、开放活所”三大战略，实现了大开放、大发展、大跨越。全所共承担各级各类科研项目400多项，科研经费总额超亿元；获奖成果总计达24项（次），其中国家一等奖1项、二等奖1项，省部级奖10项（次）；审定品种54个，获得或受理的品种权和专利权达57项，成果推广面积累计超过7亿亩；2005年有成果入选中国十大自主创新技术，2003年、2005年分别在国际顶尖杂志《自然》和《科学》上发表研究论文。同时，强化知识产权的维护，科技开发取得重大突破。拥有自主知识产权的超级稻新组合“国稻6号”，品种经营权以1000万元协议转让价，创下了新中国成立以来我国单个水稻品种转让价最高纪录。