中国科学院、国家计委、科技部2001年联合宣布，我国科学家克服重重困难，率先在世界上完成了水稻基因组的“工作框架图”和数据库。专家认为，水稻遗传密码的破译，不仅是我国生命科学领域的又一重大突破，也是我国科学家为人类做出的一项重大贡献和基因研究史上的一件大事。
水稻是全球最重要的粮食作物，维系着世界上半数人口的生存，含有4.3亿多个碱基对的水稻基因组自然引起了广泛关注。日本1998年起主导实施了由11个国家和地区参与的水稻基因组计划，而美国和瑞士的公司也实施了相应的水稻基因组计划。
作为水稻的发源地和世界上最大的水稻生产国，从去年5月起，我国科学家毅然加入竞争行列，独立开展水稻基因组研究。和目前国际上其他水稻基因组以日本粳稻为研究对象不一样，我国水稻基因组以袁隆平院士培育出的超级杂交稻为测序对象。
承担并完成这一世界课题的是中国科学院基因组生物信息学中心，主要合作单位有中科院遗传所、国家杂交水稻研究中心等。在科学家的共同努力下，超级水稻基因组计划进展迅速。截至目前，科学家们已测定约22亿个碱基对的序列，序列和基因的覆盖率均达95％以上，90％的区域准确率达到99％，完全符合“工作框架图”的要求。
更为可贵的是，全部数据即将在网上予以公布，向全世界免费公开。“我担心服务器可能堵塞，因为全世界的科学家都可以来查阅。”项目负责人于军教授说。
水稻基因组是迄今进行的植物基因组测序中最大的，约为人类基因组的七分之一。