1、看整齐度：混有其他稻谷的杂交水稻种子粒型不整齐。
2、看谷壳色：杂交水稻种子谷壳上略带不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本、保持系谷粒颜色较为一致，保持系和其他混杂谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子光滑。3、看柱头痕迹：非杂交水稻谷粒因多属于自花授粉，雌蕊柱头痕迹遗留在谷壳内部，剥开谷壳在米粒顶部可见一点浅黑色的柱头痕。而杂交种属异花授粉，柱头外露，仔细观察谷粒内外稃夹缝中间，可发现一点不明显的小黑点即柱头痕迹，这是识别杂交水稻种子和其他稻粒的重要依据。4、看种子净度：用手抄一下种子，十指沾有细粉状物，证明种子纯净度达不到国家规定的标准（99%）。5、看种子含水量：简便的方法是用牙咬谷粒，如有尖脆响声，则含有量基本正常；若无尖脆声或谷粒断面不整齐，则种子含水量一般高于正常标准(13%)。
6、看种子标签：按《农作物种子标签管理办法》规定，杂交水稻种子标签应当标注品种名称、品种审定编号、产地、种子生产许可证编号、经营许可证、质量指标、检疫证明编号、净含量、生产年月、生产商标、生产商地址及其联系方式。要查看上述内容是否齐全，否则应怀疑其为假劣种子。