垫料的选择。垫料要求具有保水性、透气性和有一定的微生物营养源。垫料选择应因地制宜，适时择用，南方以稻壳、稻糠、竹锯末、珍珠岩为主，稻草、树叶杂草粉碎后也是很好的垫料；北方以玉米秸秆、花生壳粉、玉米芯粉、草粉、珍珠岩为主。
垫料厚度要求。一般猪舍中垫料的总厚度约为80厘米～100厘米，冬季垫料厚，夏季垫料相对薄一些。垫料厚度不低于45厘米，单个发酵床垫料体积不少于10立方米。
垫料发酵操作方法。对HM垫料发酵基进行预处理：
①在冬季发酵垫料时，先将HM垫料发酵基在30℃～40℃的温水中浸泡8小时～10小时，目的是激活HM垫料发酵基。
②其他季节发酵垫料时，将HM垫料发酵基与细碎的玉米面、菜粕和麦麸混合物拌匀，目的是给微生物提供多种营养的同时加大HM垫料发酵基与发酵原料的接触面积。
混料发酵
①集中统一制作法：即在舍外按各猪舍的体积计算好各种垫料的用量，将各垫料按比例混均，在冬季发酵时，将第一种预处理过HM垫料发酵基分次加入水中，边搅拌垫料边加水，调水分至50%～60%;其他季节发酵时，将第二种预处理过的HM垫料发酵基分次撒入垫料中，混合搅拌均匀，调水分至50%～60%（即手握手心发湿，但指缝不滴水），然后堆成高1米左右、宽1.5米～2米，长度不限的长方体，堆好后上半部用编织袋或长秸秆类物料覆盖，以减少水分的蒸发，然后将温度计插入物料30厘米处。混合堆积发酵，温度达55℃以上保持5天，然后翻堆，翻堆后温度达55度以上时再发酵5天，然后将堆高降低，待温度平稳下降至环境温度，即可将垫料填入猪舍。经过上述发酵，不仅对垫料进行了无害化处理，并保证功能微生物菌种能够大量繁殖和定殖。
②舍内直接制作法：将选好的垫料、HM垫料发酵基按比例在猪舍发酵池内充分搅拌均匀，再加水搅拌，调水分至50%～60%，然后进行堆积发酵。发酵方法同舍外方法，注意发酵池内要预留一定空间，便于垫料搅拌、翻堆等到操作。
铺设垫料。垫料经过无害化处理，温度下降平稳后，摊开垫料时有清爽的酸香味，没有异臭味，说明垫料已发酵成功，即可将垫料摊开（运送）到每一个栏舍，按要求铺设高度。
垫料在栏舍摊开铺平后，等待24小时察看温度平稳方可进猪。