引起玉米青枯病的病菌能够长期在土壤中腐生，分别以菌丝体、卵孢子、厚垣孢子在植物残体或土壤和未熟肥料中越冬。一些地区连年种植玉米并实行秸秆还田是土壤中的病菌逐年增加的原因之一，提高种植密度也为病菌提供了有利侵染的小气候。
防治玉米青枯病要注意以下几点：选育和种植抗病品种。我国已经将抗青枯病列为玉米育种目标。可以在不同地区选用不同的自交系和抗性品种。收获后及时清除玉米秸秆，或高温堆制有机肥，或集中处理。尽可能与蔬菜作物轮作。注意排水防涝，合理密植，增施锌肥以提高玉米生长势和抗病能力。增施有机肥和菌肥，用生防菌拌种，用咯菌腈（适乐时）或立克秀包衣种子或拌种处理。