秋季气候变化无常，往往各种动物疫病流行，肉牛容易发生一些常见病和传染病（如流行性感冒、口蹄疫等），规模饲养肉牛时，一定要加强无菌管理，重视消毒工作，确保肉牛养殖效益。
定期进行消毒，保持清洁卫生的饲养环境，防止病原微生物的增加和蔓延；经常观察牛的精神状态、食欲、粪便等情况。牛场或牛舍的进出口应设消毒池，池深15～20厘米，内填锯末等，定期加入5%的火碱水或10%的来苏儿溶液，也可放生石灰。牛舍及运动场内的粪便每天都要清除，保持地面的干燥和清洁。地面每隔15～20天用火碱、生石灰或来苏儿溶液进行喷洒消毒。牛舍墙壁、牛栏等每隔15～20天用15%的石灰乳或20%的热草木灰水进行粉刷消毒。牛槽和用具用3%的来苏儿溶液定期消毒。消毒药配制时要特别注意配伍，漂白粉不能与硼酸、盐酸配伍；新洁尔灭不能与碘、碘化钾、过氧化物配伍。
对病牛的粪便可堆积泥封或投入沼气池中发酵，发酵产生的热量能杀死病原体及寄生虫卵，从而达到消毒的目的。