近年来，由于受气候、品种、栽培管理等因素影响，小麦苗期病虫害呈加重发生态势，需引起重视，及早防治。
小麦苗期虫害
小麦苗期害虫主要有蚜虫、灰飞虱、土蝗、小地老虎、蟋蟀。
蚜虫和灰飞虱除直接为害麦苗外，还是传播小麦黄矮病、丛矮病等虫传病毒病的虫介。这两种害虫的防治方法：一是清除田边、渠旁杂草，二是药剂防治，待小麦齐苗后，用10%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液或其他菊酯类杀虫剂加适量有机硅助剂，在田边和地头喷5～10米宽的药带。
防治土蝗，一般亩用50毫升菊酯类农药加诱虫烯20毫升拌麦麸10公斤左右，在2龄前于上午10时后均匀撒施于麦田。
防治小地老虎，待小麦出苗后用3%辛硫磷颗粒剂，每亩6～8公斤撒施于麦苗根际附近。
防治蟋蟀，每亩用4.5%高效氯氰菊酯乳油40～60毫升，或2.5%联苯菊酯乳油80～100毫升，加诱虫烯20毫升，兑水30公斤，于成虫发生期均匀喷雾。
小麦苗期病害
小麦苗期病害主要有锈病、全蚀病和纹枯病。
当小麦锈病发生率达5%时，亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克，或20%粉锈宁乳油40毫升，或12.5%速保利可湿性粉剂15～30克，兑水50～70公斤喷雾。
对于曾发生过全蚀病的地块，在小麦播种后20～30天，每亩用20%粉锈宁乳油120～200克，兑水50～60公斤，顺垄喷洒幼苗，翌年返青期再喷一次，兼治白粉病和锈病。
对于小麦纹枯病发生严重的地块，每亩用20%粉锈宁乳油150克，或5%井冈霉素水剂150～200克，或50%多菌灵可湿性粉剂50～75克，兑水50～75公斤顺垄喷施。