井冈霉素是防治小麦纹枯病的有效药剂，但在小麦拔节孕穗期，田间麦株生长茂密，喷药时药液不容易喷到麦株基部，同时病害往往已侵染到小麦茎秆上，用药防治效果会受到很大影响。防治小麦纹枯病，宜在小麦返青至拔节初期病害初发时及早用药，到小麦生长中后期，应加足药量和水量喷雾，喷匀喷透，以提高防治效果。
据江苏省农科院植保所有关专家介绍，该所研制的纹曲宁（2.5%井·100亿活芽孢/毫升枯草芽孢杆菌水剂，含井冈霉素2.5%，每毫升含100亿枯草芽孢杆菌活芽孢），登记用于防治水稻纹枯病，对小麦纹枯病也有良好的防治效果。该所研制的苏锐（33%多·酮可湿性粉剂），是多菌灵与三唑酮的复配剂，登记用于防治小麦纹枯病、白粉病、赤霉病，由于加有高质量的助剂，该药对白粉病有良好的预防和治疗效果，其中的三唑酮对纹枯病也有良好的治疗效果，适期使用对纹枯病、白粉病、赤霉病这三种小麦主要病害均有良好的防治效果。
需要注意的是，在小麦抽穗前不能超量施用三唑酮，否则容易引起小麦抽穗困难。