运输工具的选择：根据运鸟的数量及其大小确定运输工具。
包装物设计：采用铁架木箱，长3米、宽2米、高2.5米，框架为铁制，四面封以高为1.5米的双层木板。顶部用纱网覆盖，似挂“蚊帐”状，箱内不分隔，每个大箱装6只~8只，在木箱底面上垫5厘米至15厘米厚的砂子和糠壳混合物，可以减轻震动的影响。
器械及药物准备：线剪、镊子、注射器、缝线、止血敏、碘酊、酒精、棉花、云南白药、抗应激药、镇静剂、广谱抗生素、麻醉剂、苏醒灵等必备药品。
将选好的鸵鸟单独饲养，种鸟运输前10天减少精料使其停产，运前3小时~4小时停饲及在水中加抗应激药、VC和电解质，运前30分钟在饮水中加镇静剂。
每个车箱应隔离一个小应急区域(能装2只~3只鸵鸟)，由于应激、惊骇，常有个别鸵鸟卧地不起，在运输中易被践踏致伤致死，对这些鸵鸟必须及时隔离，尤其对那些惊恐不安鸵鸟要罩头罩，开口缝用松紧带穿好。
长途运输应安排好运输时间，最好是傍晚起运，到达目的地正好是白天，有利于鸵鸟入栏的安置工作。如果晚上到达，鸵鸟视物不清，易造成意外伤亡。