发酵床冬季常见问题有：氨气味浓烈，湿度大，垫料温度低，垫料板结。解决方案如下：
1、增加垫料厚度
在东北，由于气候严寒，发酵床损失热量严重，没有一定厚度的保证，发酵床是运行不好的。单纯使用锯末制作的发酵床建议最低厚度为80厘米，锯末与其他垫料混合制成的发酵床建议100厘米厚，实际上，垫料的厚度是制作发酵床一个很关键的要素。不会因为你选用了某种特殊的发酵剂，就可以大幅度降低发酵床的厚度，当然，如果因为现有猪舍的条件限制，不得不制作60厘米厚的发酵床，这样的发酵床就存在经常需要补充大量的垫料，它比较适合南方的地区。在北方尤其东北是绝对不行的。
2、降低饲养密度
由于冬季猪舍普遍存在的问题是通风不足，舍温低，湿度大，把发酵床的饲养密度由1.2-1.5平方米/头调整到1.8-2.0平方米/头是比较接近于实际的。
3、发酵床的采光很重要
发酵床的垫料表面应当设计成阳光普照，利用太阳的辐射热加快垫料表面水分的蒸发，这一点十分重要。千万不要小看太阳辐射的力量。
4、保持垫料松软，透气的特性
垫料只有保持一定的空间结构，空气才容易进入垫料的空隙，正常的发酵才能够持续。新鲜的垫料经过一段时间的使用它的物理性状就会改变，垫料容易板结、粘滞、透气性下降，这都是正常的现象，这是由于猪的踩踏和化学分解造成的。不会因为某种发酵剂的使用改变这种生物进程。因而必须对发酵床上的垫料进行翻动。当然猪也会进行一些拱掘的翻动工作，但是人为的翻动是必不可少的。
5、保持垫料干爽
这是发酵床得以持续运行的关键因素。通过加强猪舍的通风，做好猪舍的防寒保暖，补充垫料，增加垫料厚度，降低饲养密度，来达到保持垫料干爽的作用。
6、定期换垫料
这种说法尽管听起来很吸引人，很多人之所以采用发酵床养猪也是冲着这句话来的。其实这种说法是一种广告语言，是谎话。发酵床并不是不清粪，而是猪的粪尿转化成了微生物和代谢产物，与垫料混合在一起，还是需要定期清除的。一般情况下三年换一次垫料，依据猪的饲养密度及使用情况时间上可加减。
一头育肥猪180天的育肥期所产生的粪尿经过微生物的转化、贮存，相当于价值150元的化肥价值，你说这种垫料的经济价值有多高?关于这一点的科学依据可以参考--澳大利亚发酵床舍养猪标准技术资料，国外很多生产者采用发酵床养猪的原因之一也是因为粪尿的垫料增值作用。对发酵床一知半解的人在宣传永不清粪，永不起圈，是不真实的。