一防挥发损失
氨水、碳酸氢铵在常温下会不断分解，温度越高，分解越快。农户储存化肥时，包装一定要密封。氮素化肥、过磷酸钙严禁与碱性物质（如石灰、草木灰、钙镁磷肥等）混合堆放，防止氮素化肥挥发损失和降低磷肥肥效。
二防吸湿变质
大部分化肥均具有吸湿性，特别是被雨淋后，化肥养分就会随水流失。有的化肥吸湿受潮后结块变质、潮解，如硝酸铵吸湿就会易结块、潮解，过磷酸钙吸湿后易结块。这类化肥一定要储存在干燥、阴凉和通风处。
三防腐蚀毒害
有些化肥含有一定的腐蚀物质或有毒物质，如过磷酸钙含有游离酸，腐蚀性强。如果将这类肥料与种子储存在一起，会降低种子发芽率。这类化肥不能用铁器或木桶长期存放，更不能与种子、农机具等放在一起。
四防与农药混放
化肥与农药混放，容易引起自燃爆炸，如硝酸钠、硝酸铵等化肥，经日晒和重物撞击会发热，易自燃引起爆炸。乳剂类农药含有多量的粗苯、二甲苯等易挥发易燃烧溶剂，一旦接触火花会快速燃烧。如果将化肥与农药存放一起，只要一方自燃，便会波及另一方。
五防混放久存
化肥种类多且性质各异，不宜混堆、混放。储存时，要分别按化肥的产地、种类存放。酸性和碱性肥料不能储存在一起，防止氮素损失；磷肥不宜久储，因为在储存过程中，有效磷会慢慢减少；细菌肥料在储存中，应防热、防晒，最好装入黑漆布口袋，以免肥料中的细菌被晒死而失去效果。
