草甘膦属于灭生性内吸输导型茎叶处理剂，对多年生深根性杂草地下组织有很强的破坏力，能直接杀死杂草的根系。然而，随着使用年限的增加，以草甘膦作为果园除草剂所暴露出的问题也越来越多。
直接药害
草甘膦使用不当，会对果树产生直接药害。当草甘膦不慎飘落在果树上时，绿色部位（主要是叶片、枝干）药液集中处会变黄、变红,最后变褐、枯萎、死亡。
间接药害
土壤残存部分草甘膦会对果树产生间接药害。作为内吸传导型除草剂，部分残留在土壤中未钝化的草甘膦经由根系吸收传导至整株，影响植株正常生理功能。
如柑橘受害，常表现为新叶、新芽生长受到抑制，生长缓慢；葡萄受害，出现新叶增厚、节间距离缩短、果实僵硬等。
部分果树本身根系较浅，果园施肥等原因造成根系上浮,使根系与草甘膦残留区域接触密集，若阴雨天用药，危害更重。
影响养分的吸收
草甘膦易与土壤中的铁、锌等金属离子结合，长期使用有可能造成土壤中铁、锌等元素缺乏。草甘膦浓度偏高时，会对果树的根系产生胁迫，影响根系对养分的吸收和运输。
