生物热消毒法主要用于污物粪便的无害处理，兔场应该将兔粪和污物集中堆放在离兔舍较远的偏僻处，使粪便堆沤后利用粪便中的微生物发酵产热，可使温度高达70℃以上。经过一段时间，可以杀死病毒、病菌、球虫卵囊等病原体而达到消毒目的，同时又保持粪便的肥效。
发酵池发酵在兔场围墙外修建数个发酵池，大小根据养兔数量而定。池壁和池底用砖砌、水泥抹面，再用防渗水泥处理，保证其不渗水。然后将每天清扫的兔粪、污物等倒入池内，池满时在粪便表面盖一层杂草，上面盖10厘米厚的土，冬季发酵1-2个月即可作为肥料使用，夏季2-3周即可使用。
堆积法发酵在距离养兔场生产区100-200米的地方设立堆粪场，挖建深20-30厘米、宽100-150厘米、长视兔场规模而定的浅沟，先在沟底铺20-25厘米的秸秆，其上堆准备发酵消毒的兔粪、垫草、污物等，厚度1-1.2米，然后在粪堆上盖10厘米厚的谷草，谷草上再覆盖10厘米厚的土。夏季堆积3周左右即可发酵成功，可以作为肥料使用。