苍蝇主要传播人畜共患的疾病，如霍乱、痢疾、肝炎和结核病等，还可传播人畜共患的蛔虫病、肺丝虫病等寄生虫病，危害大。消灭苍蝇的主要方法如下：
铲除苍蝇滋生的繁殖地要消灭苍蝇，就必须控制滋生地，重要的是抓好兔舍内外的卫生，不散养兔，粪便要堆积在贮粪池，及时清除作无害化处理，不随便倒兔粪。不让苍蝇有滋生的机会，是灭蝇的根本措施。
消灭蝇蛹一是水杀法，可在蝇蛆的滋生地四周挖一个小水沟，蝇蛆在化蛹后爬出时，便会跌落水中溺死。二是挖蛹法，应将蝇蛆滋生场所外65~100厘米处的土铲松15厘米深，用小木夹子捡出蛹后烧死或用石磙碾杀，再把松土加石灰和水压实，以免蛹化成蝇再钻出。
消灭蝇蛆蝇蛆是苍蝇的幼虫，消灭蝇蛆最简便的方法是用1%的敌百虫溶液定期喷洒。热杀的方法也很有效，即把很热的热糠灰盖在畜粪上，然后封闭盖严，可闷死粪池中的蝇蛆。
消灭成蝇可用蝇拍打、蝇笼捕。较适用的方法是用粘蝇纸或用2%的敌百虫溶液拌在加糖的米饭或臭鱼烂虾中诱杀。也可用敌百虫溶液等直接喷洒灭蝇。夏秋季在兔舍使用电风扇通风时，在电风扇叶片上加几滴风油精，也能有效杀灭苍蝇。