兔球虫病是常见疾病，养兔户通常采用药物预防，但药物预防存在很多问题。
一、常见问题
1.盲目用药预防。养殖户对药物的药理作用和疾病的病理过程缺乏相关的了解，在饲养过程中总害怕球虫病暴发和蔓延，所以不停地用抗球虫药预防，并且总使用成分相同的一种药物，效果不好时随意加大剂量和疗程，结果使球虫对这种抗球虫药产生了耐药性，使药物预防效果甚微。
2.药效无法保证。小型养兔场大部分是用小型制粒机自制大颗粒饲料，然后在阳光下暴晒，预防球虫病时往往将相应的药物在制粒前加入饲料。但在挤压饲料成粒的过程中最高温度可达53℃，高温下大部分化学药物会失效变质，再加上阳光暴晒，当饲料进入兔消化系统时已经没有效果，失去了药物预防效果。
3.极易二次感染。养殖户在发生兔球虫病时使用了杀球虫药，但粪便中的球虫卵囊不会受到伤害，如果忽视了兔粪的清理工作，球虫卵囊易再次进入兔的消化系统，重新孵出球虫造成二次感染。
二、对策措施
1.加强指导。兽医师在开具处方时尽量开那些容易溶于水的化学合成药，让兔饮水服用，以防拌料药在饲料加工过程中遭到破坏，从而失去相应的预防作用，同时说明该抗球虫药的使用方法。
2.科学用药。对养兔户进行定期培训，使他们对抗球虫药的用法、用量、性质以及疾病的发生、发展有基本的掌握，使他们能做到按照疗程、用量，交替、间歇使用抗球虫药，以防耐药性的产生。
3.及时处理兔粪。通过专业知识培训、宣传和政策引导使养兔户认识到兔粪无害化处理的必要性(尤其是用抗球虫药后的兔粪)和方法，让他们能够自觉按照相关要求对兔粪进行无害化处理。