泥鳅对水温的变化相当敏感。当水温降至5℃以下时，泥鳅便钻入淤泥中越冬，越冬期长达2-5个月。为使泥鳅安全度过越冬期，必须做好以下工作：
一、适施有机肥。泥鳅进入越冬池前，先将适量有机肥撒入池底，以增厚淤泥层，为泥鳅越冬提供较理想的“温床”。二、选好种鳅。挑选体质健壮、无疾病的泥鳅留作种鳅。越冬池泥鳅的暂养密度可稍高于饲养期的密度。三、注意保温。越冬期要做好防寒保温工作，使水温保持在2℃-10℃。
稻田养殖的泥鳅，在越冬前，应将泥鳅集中于鱼溜内，并用稻草铺设在鱼溜内，泥鳅便会潜入鱼溜底部的淤泥中越冬。