皮肤真菌病——水霉病由寄生水霉（S.parasitica）所致。水霉损害使鱼皮上产生局部性灰白色斑块，在水下检视时，有菌丝伸展入水的部位呈棉絮状外观。也报道有硬头鳟鱼苗的腹腔水霉病。
防治真菌病由暗色孢科霉菌（Dematiaceae）引起的斑点叉尾鲴真菌病，造成内脏粘连与腹膜炎。类似瓶霉（phialophora）的真菌引起的脑足分支菌病，大麻哈鱼土生线担孢菌（Scolecobasidiumhumicola）病，草茎点霉（phomaherbarum）感染的鲑鱼真菌病，由霍弗鱼霉（Ichthyosporidium）引起的川鲽、鳟及牙鳕真菌病。
上述疾病目前尚无有效的治疗办法，据报道可用2-苯氧基乙醇（phenoxethol）治疗。但仅认为在该病的早期有效。
鳃霉病由血鳃霉（B.Sanguinis）和穿移鳃霉（B.demigrans）感染引起鱼鳃毛细血管扩张和血管坏死。鱼感染两天后即可发生死亡，鱼群发病率可高达50%。防治办法，主要通过严格的卫生制度对发病鱼圹可用干圹施生石灰来消灭病菌。用量为每平方米用生石灰300克。
三毛金藻引起的鱼病小三毛金藻（prymnesiumparvum）是生长于半咸水中的一种植鞭毛虫，因具有细胞外毒素，曾在以色列及其他一些国家中造成鱼类的大量死亡（Sarig,1971）。三毛金藻可用氨化合物进行杀灭。方法是喷雾氨水于水池表面，使池水中氨的浓度达到每升水10毫克的水平。