沼肥养鱼，具有肥效高、耗氧低、浮游生物繁殖快、鱼类生长快、鱼病少、鱼肉无异味、成本低、操作方便等优点。
一、掌握沼肥效高的时间。一般来讲，沼气池大换料后1个月，沼肥中所含的速效氮、磷等达到高峰，将此时的沼肥施到鱼塘中，能获得沼液肥水的最大效果。
二、将沼肥的肥渣作为基肥，肥水作为追肥。由于沼肥是速效性肥料，在施用上应掌握“量少次多”的原则，一般是每天施用1次，若天气炎热，水色透明度在25厘米以下，应隔1天或几天施用1次。
三、放养鱼类的品种以滤食性鱼类（如鲢鳙鱼）为主，适当搭配一些杂食鱼类（如鲤鱼、鲫鱼或罗非鱼）。主体鱼的投放量不得低于60%，吃食性鱼尽量少放或不放。
四、鱼塘与沼气池的面积要配套。鱼塘与沼气池的面积比以100：（0.2-0.3）为宜。可分设几个沼气池，以便轮换使用，避免出现鱼塘过肥或沼肥过剩的现象。