水库养鱼因水面积大，农家肥一般不能满足肥水要求，必须以施化肥为主，其见效快。
水库施肥能促进浮游植物生长，为鲢鱼、鳙鱼提供充足饵料，与农作物施肥相似，氮，磷，钾必须适当搭配，且因所养鱼类品种和水质而有差异。氮肥以尿素，硫化铵，硝酸铵和碳铵为主，其中尿素含氮量最高，且见效快利用率高。养殖前期水体含钾量高，可只施氮肥，磷肥，如尿素和过磷酸钙，两者的施用以例应为1∶2。若施用碳铵，则其与过磷酸钙的以例应为2∶1。养殖中，后期应施一定比例的钾肥，如碳铵70%，过磷酸钙22%，氯化钾85%。水库施肥必须先施磷肥，后施氮肥，次序不能颠倒，且不能同时进行，以防降低肥效或产生有毒的偏磷酸。不能施用颗粒或粉状原肥，以防鱼类误食中毒，应溶化并稀释后，选择光照条件好的水面用喷雾器均匀喷洒。暴雨时期大量溢洪时停止施肥，溢洪道进口不宜施肥。
施肥时间，量与水温关系密切，光照好，水温20℃以上时浮游植物生长快，施肥后7~10天即被充分利用，所以6~9月份应每隔7~10天施化肥1次，施肥时间选择在晴天上午的8~10时，阴雨天不宜施用。而6月前及9月下旬至11月应每隔10~15天施1次，施肥时间和施肥量视水质和水温而定，透明度应保持在40厘米以上。