鱼用药物主要是用来杀灭病原体达到防治鱼类疾病的目的，但药物（主要指外用药物）进入水体后，在杀灭水体中的病原体时，往往同时也杀灭了水体中的一些浮游生物，使水体的光合作用减弱，同时杀死的浮游植物发酵会耗氧；而药物在分解或溶解过程中，也会使水体的各项水化指标有所改变，暂时打破了水体现有的平衡；再加上药物本身对鱼体有一定的刺激作用，从而使鱼体处于一种应激状态下来适应新的环境。
在天气状况不佳时（如阴雨天气），水体中的光合作用不强，溶氧量较低，水体本身的自我调节的能力较差，而此时用药，特别对水体破坏作用大、对鱼体刺激性强的药物，在水体中的作用时间也较长，往往会造成鱼类缺氧或中毒死亡。这样不仅起不到防病治病的效果，反而会造成更大损失，所以选择晴好天气用药较好。当然，如二氧化氯、水质保护解毒剂、颗粒氧等因具有改良水质的作用药物，可不受天气情况的制约。