冻死鱼处理不当会造成对公共环境卫生、养殖水体的危害，需及时无害化处理，具体措施如下：
清捞
及时清捞水体和底泥中的死鱼，以防病原滋生，造成养殖水体污染。
深埋
冻死鱼可集中后做深埋处理。掩埋应选择远离水源、河流、养殖区和居住区的地点。掩埋时先在坑底铺垫2厘米厚生石灰，然后将冻死鱼尸体置于坑中，撒一层生石灰，最后用土覆盖，与周围持平，覆盖土层厚度应不少于0.5米；如果出现疑似疫病或其他不正常的情况，需将死鱼浇油焚烧，再覆盖厚度大于1.5米的土层；填土不要太实，以免尸腐产气造成气泡冒出和液体渗漏。掩埋后应设置清楚标识。
发酵
冻死鱼可以选择在远离水源地、河流、养殖区域等地点进行发酵处理。首先挖一发酵坑，用塑料薄膜作为土地的衬里，将冻死鱼置于坑内，上用塑料薄膜密封，用土覆盖，发酵后可作农业用肥。
焚烧
有条件的地方，可采用焚尸炉焚烧方法进行处理。
水体消毒
发生冻死鱼养殖水体如要排放，必须进行消毒处理，达到国家疫水排放标准后，方可向自然水域排放。消毒处理方法：使用漂白粉按每立方米20克的用量全池泼洒。
工具消毒
涉及打捞、运输、装卸等处理环节要避免洒漏，并需用漂白粉对打捞、运输装卸工具消毒杀菌。