①口服法口服法用药量少，操作方便，不污染环境，对不患病鱼，虾类不产生应激反应等。常用于增加营养，病后恢复及体内病原生物感染，特别是细菌性肠炎病和寄生肠虫病。但其治疗效果受养殖动物病情轻重和摄食能力的影响，对病重者和失去摄食能力的个体无效，对滤食性和摄食活性生物饵料的种类也有一定的难度。另外有一种强制性的口服方法---口灌法，能够保证药物摄入比较充分，用药量准确，是一种有效的治疗方法。但操作比较麻烦，用药过程易造成鱼体损害，是一种只能作为最后采取的治疗措施（在病鱼不摄食时使用）或试验研究使用的方法。②药浴法按照药浴水体的大小可分为遍洒法和浸洗法；根据药液浸泡的浓度和时间的不同，可以分为瞬间浸泡法、短时间浸泡法、长时间浸泡法、流水浸泡法。如遍洒法是疾病防治中经常使用的一种方法。浸洗法用药量少，操作简便，可人为控制，对体表和鳃上病原生物的控制效果好，对养殖水体的其他生物无影响，是目前工厂化养殖经常应用的一种药浴方法。在人工繁殖生产中从外地购买的或自然水体中捕捞的亲鱼、亲虾、亲贝等及其受精卵也可用浸洗法进行消毒。③注射法鱼病防治中常用的注射法有两种，即肌肉注射和腹腔注射法。此法用药量准确，吸收快，疗效高（药物注射）、预防（疫苗、菌苗注射）效果好等，具有不可比拟的优越性，但操作麻烦，容易损伤鱼体。合适对象是那些数量少又珍贵的种类，或是用于繁殖后代的亲本。治疗细菌性疾病用抗生素类药物，预防病毒病或细菌感染用疫苗、菌苗等。
④涂抹法具有用药少，安全、副作用小等优点，但适用范围小。主要用于少量鱼、蛙、鳖等养殖动物，以及因操作、长途运输后身体受损伤或亲鱼等体表病灶的处理。适用于皮肤溃疡病及其他局部感染或外伤。⑤悬挂法用于流行病季节来到之前的预防或病情轻时采用，具有用药量少、成本低、方法简便和毒副作用小等优点，但杀灭病原体不彻底，只有当鱼、虾游到挂袋食场吃食及活动时，才有可能起到一定作用。目前常用的悬挂药物有含氯消毒剂、硫酸铜、敌百虫等。