1.吸虫：如指环虫，是目前养鳗的大病难病，近两年有克虫王、灭蠕王、杀虫先锋等专用药，这些药最典型的通病为不标明成份，是属于劣质药，但市场仍不少。初步分析都是甲苯咪唑、丙硫咪唑、吡喹酮和双甲脒等药所配制的制剂。外用药浴只能达到驱虫的目的。在使用有效的情况下，药水退掉后要尽快使用高锰酸钾等。
2.真菌：有鳃霉和水霉。病因是水质恶变引起的，调节水质为关键，使用生石灰调节pH，在7.2-7.5淡水中不易发生。原来多使用孔雀石绿，现已禁用;亚甲基兰有抑制作用，还有一些天然活性物质有效。真菌病往往并发细菌病，并发时需要先治疗真菌，再治疗细菌。
3.中毒症：有农药中毒、赤潮中毒、海藻中毒、鱼药中毒等。首先确定毒物来源，药物中毒要换水，农药赤潮中毒不换水，要在池内处理。在出现中毒症状时，要保证换水水源正常，可以采用石灰、净水宝等。在池内处理，通常用北大净水宝1.5-2克/吨水，能缓解大部分毒物。
4.营养不良症：从症状上看比较雷同，而且慢性，跨度时间长。选择优质饲料为主，不用药或用营养、绿色添加剂。
5.类细菌病：与细菌病症状相同，但镜检分离无细菌，多数抗生素有效，如罗非鱼立克次氏体病，使用安普乐(5%氟苯尼考)和聚维酮碘(0.2克/千克料)，外用消毒剂有聚维酮碘、强力海因等。目前在河蟹、对虾、乌鱼、真鲷等多种水产品上有此病报道。
6.病毒病：有草鱼出血病、甲鱼腮腺炎、对虾白斑病等。目前病毒病有效药物几乎没有，消毒药中只有聚维酮碘、戌二醛、百虫杀有控制效果。内服活血、抑制病毒、防止细菌感染和增强免疫抗逆力的药物。
7.原虫：有车轮虫、隐鞭虫、小瓜虫、孢子虫等，不同病原用不同药物。如小瓜虫，是目前养殖业者普遍关心的问题，原来使用的硝酸亚汞、孔雀石绿现在成为禁用药。近期我们实验，海水小瓜虫用硫酸铜、乙酸铜、络合铜能消除;淡水鱼使用有一定困难，使用之后影响摄食，其中络合铜(天使兰)3克/米3(连续使用2天)能杀灭鳗鱼小瓜虫，第4天基本检不出小瓜虫。目前还有中药，如生姜、辣椒、瓜虫灵、敌瓜虫等。
8.细菌性疾病：种类多，也是目前水产病害的重头戏。首先要环境消毒，消除病原，病死鱼安全处理，减少传播，这些工作类似人类卫生防疫过程;其次内服药物治疗;第三，愈后保护。目前在鳗场药浴抗生素普遍，这是不正常现象，也是水产药的一个特点;采用药浴强制给药有一定效果，但往往成本高，也造成药物排污和抗性病菌多，应尽量回避;使用前要考察环境条件和药理药性。