一般中低毒农药对稻田养鱼不会引起毒杀，如果超过正常用量，重者会引起鱼类中毒，轻者也会影响鱼类正常生长发育。对某些在环境中消解较为缓慢的农药，也会使鱼类慢性中毒。
为了确保鱼类安全，养鱼的稻田在施用各种农药防治虫害时，均应事先加深田水，稻田水层应保持在６厘米以上，如水层少于２厘米时，对鱼类的安全会带来威胁。病虫害发生季节往往气温较高，一般农药随着气温的升高而加速挥发，也加大了对鱼类的毒性。施药时应掌握适宜的时间。喷洒药液时，注意尽量喷在水稻茎叶上，减少农药落入水中，这样对鱼种更为安全。粉剂宜在早晨稻株带露水时撒，水剂宜在晴天露水干后喷。下雨前不要施药。喷雾时，喷雾器喷嘴应伸到叶下，由下向上喷。不提倡拌土撒施的办法。使用毒性较大的农药，可采取一面喷药，一面换水；或先将田水放干，驱使鱼类进入鱼沟内。为了防止施药期间沟内鱼类密度过大，造成水质恶化缺氧，应每隔３天-５天向鱼沟内冲一次新水。等鱼沟内药力消失后，再向稻田里灌注新水，让鱼类游回田中。